Coenzimas e seu papel fundamental
O trabalho de Andreas Kirschning (2021) expande de forma magistral o cenário da biopoese ao colocar as coenzimas no centro da evolução pré-biótica, funcionando como verdadeiras fósseis moleculares do metabolismo primitivo.
A premissa central é que muitas dessas moléculas — que hoje atuam como parceiras indispensáveis das enzimas proteicas em transferências de grupos químicos e reações redox — possuem estruturas simples e frequentemente derivam de nucleotídeos. Isso sugere que elas coexistiram com o surgimento do RNA, operando em uma fase protometabólica muito antes de qualquer proteína moderna dar as caras. Em associação com o RNA primitivo (formando os chamados "holoribozymes" ou holorribozimas), as coenzimas expandiram drasticamente o escopo catalítico e a complexidade das redes metabólicas iniciais, provando que a química da vida aproveitou blocos modulares versáteis desde a sua aurora.
Holorribozimas
Holoribozyme (ou ainda holo-ribozima) é o termo utilizado em bioquímica para descrever uma molécula de RNA catalítico (ribozima) totalmente montada e ativa, contendo todos os seus componentes estruturais essenciais e, quando aplicável, o seu cofator químico ou metabólito associado. [Bingaman, 2017][Jamie, 2017]
O conceito é diretamente análogo à distinção feita nas proteínas entre a apoenzima (parte proteica inativa isolada) e a holoenzima (o complexo enzima-cofator ativo). No universo do RNA:
Aporibozyme: É a estrutura de RNA purificada ou isolada que permanece inativa ou apresenta atividade drasticamente reduzida por não estar associada ao seu ligante/cofator.
Holoribozyme: É o complexo cataliticamente funcional e completo. [Bingaman, 2017][Jamie, 2017][Kirschning, 2021][Bingaman, 2017b]
O Exemplo Clássico: A Ribozima glmS
O termo ganhou grande destaque nos estudos da ribozima glmS. Essa estrutura funciona simultaneamente como um riboswitch e uma ribozima: [Bingaman, 2017][Jamie, 2017]
Ela requer obrigatoriamente a ligação de uma pequena molécula, o cofator glucosamina-6-fosfato (GlcN6P), para conseguir clivar sua própria cadeia de RNA. [Bingaman, 2017][Jamie, 2017]
Pesquisas estruturais demonstram que, ao se transformar no holoribozyme (RNA + GlcN6P), o cofator orgânico atua diretamente na química do sítio ativo, servindo como um ácido geral para catalisar a clivagem.[Bingaman, 2017][Jamie, 2017]
Importância Evolutiva
O estudo das holorribozimas é uma peça fundamental para sustentar a Hipótese do Mundo do RNA, que propõe que a vida primitiva utilizava o RNA tanto para armazenar informação genética quanto para acelerar reações metabólicas. A capacidade de ribozimas recrutarem pequenos cofatores moleculares (formando holorribozimas) prova que o RNA consegue expandir seu repertório químico limitado para mimetizar a alta eficiência das proteínas modernas.[Bingaman, 2017][Jamie, 2017][Kirschning, 2021]
O artigo
Kirschning A. Coenzymes and Their Role in the Evolution of Life. Angew Chem Int Ed Engl. 2021 Mar 15;60(12):6242-6269. doi: 10.1002/anie.201914786. Epub 2020 Oct 23. PMID: 31945250; PMCID: PMC7983987.
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7983987/
Resumo
A evolução das coenzimas, ou o seu impacto na origem da vida, é fundamental para a compreensão da nossa própria existência. Uma vez estabelecidas hipóteses plausíveis sobre o surgimento de blocos de construção químicos prebióticos — provavelmente formados sob condições paleogeoquímicas — e assumindo que esses compostos menores se integraram para dar origem a macromoléculas complexas como o RNA, a questão da origem das coenzimas e sua relação com a evolução da bioquímica funcional deve ganhar novo impulso. Muitas coenzimas possuem estrutura química simples e são frequentemente derivadas de nucleotídeos, o que sugere que podem ter coexistido com o surgimento do RNA e desempenhado um papel crucial no metabolismo inicial. Com base nas teorias atuais sobre a evolução prebiótica, que buscam explicar o surgimento de blocos de construção orgânicos privilegiados, esta revisão discute hipóteses plausíveis acerca da formação prebiótica de elementos-chave presentes em coenzimas existentes atualmente. Em associação com o RNA prebiótico, as coenzimas podem ter expandido significativamente as redes protometabólicas primitivas e o escopo catalítico do RNA ao longo da evolução da vida.
Referências
Bingaman JL, Zhang S, Stevens DR, Yennawar NH, Hammes-Schiffer S, Bevilacqua PC. The GlcN6P cofactor plays multiple catalytic roles in the glmS ribozyme. Nat Chem Biol. 2017 Apr;13(4):439-445. doi: 10.1038/nchembio.2300. Epub 2017 Feb 13. PMID: 28192411; PMCID: PMC5362308. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5362308/
Bingaman, J. (Advisor: Bevilacqua, P. C.). (2017) Identification of Novel Catalytic Strategies of Small Ribozymes. The Pennsylvania State University.
Jamie L. Bingaman, Inanllely Y. Gonzalez, Bo Wang, Philip C. Bevilacqua; Activation of the glmS Ribozyme Nucleophile via Overdetermined Hydrogen Bonding. Biochemistry 22 August 2017; 56 (33): 4313–4317. https://doi.org/10.1021/acs.biochem.7b00662
