quarta-feira, 7 de março de 2018

Micróbios produtores de butanol - 2


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Uma introdução necessária

Os álcoois produzidos biologicamente, com maior frequência do etanol, e menos comumente propanol e butanol, são produzidos pela ação de microorganismos e enzimas através da fermentação de beterraba açucarada, milho, grama, folhas, resíduos agrícolas ou celulose (além da conhecida cana-de-açúcar). O último nome é de um processo mais difícil. Pode ser produzido a partir de biomassa ("biobutanol"), bem como de combustíveis fósseis ("petrobutanol"). A produção de butanol industrial e acetona via fermentação começou em 1916, durante a Primeira Guerra Mundial. Um estudante de Louis Pasteur (Chime Wizemann) isolou um micróbio que produzia acetona. A Inglaterra se aproximou do jovem microbiologista e pediu o direito de fazer acetona para a produção de cordite (um deflagrante, “explosivo lento”, propulsor de artilharia). Até a década de 1920, a acetona era o produto buscado, mas para cada libra de acetona fermentada, formaram-se duas libras de butanol. Uma indústria crescente de tintas automotivas transformou o mercado e, em 1927, o butanol foi primário e a acetona tornou-se o subproduto.


Imagem: Bio-butanol: Fuel of the Future - medium.com


A produção de butanol por fermentação diminuiu a partir da década de 1940 até a década de 1950, principalmente porque o preço dos produtos petroquímicos caiu abaixo do substrato de amido e açúcar, como milho e melaço. Os custos indiretos do sistema de fermentação por lotes intensivos em mão-de-obra combinados com os baixos rendimentos contribuíram para a situação. A produção de acetona e butanol derivada da fermentação cessou no final da década de 1950. A partir da década de 1970, o principal foco de combustíveis alternativos foi o etanol.

Mas o bio-butanol possui propriedades superiores ao bioetanol quando usado como biocombustível. O biobutanol (também chamado de biogasolina) é frequentemente reivindicado para fornecer uma substituição direta para a gasolina sem modificação no motor ou no carro. Ele produzirá mais energia, melhor e menos corrosiva e menos solúvel em água do que o etanol. Um desenvolvimento promissor veio da Universidade de Tulane e anunciado no final do verão de 2011 - os cientistas da pesquisa de combustíveis alternativos da universidade descobriram uma bactéria do gênero Clostridium, que rec3beu o codinome "TU-103", que pode converter quase qualquer forma de celulose em butanol, e é a única variedade ainda descoberta da bactéria do gênero Clostridium que pode fazê-lo na presença de oxigênio.

Ao fazer biobutanol através da fermentação, os açúcares são divididos em vários álcoois, que incluem etanol e butanol. Infelizmente, um aumento na concentração de álcool faz com que o butanol seja tóxico para os microorganismos, matando-os após um período de tempo. Essa toxicidade limita a quantidade de combustível que pode ser feita em um lote. Isso tornou o processo de fermentação caro. O próximo desafio reside nos custos de separação do butanol do caldo de fermentação nas altas concentrações utilizadas pela indústria. Hao Feng, um dos pesquisadores envolvidos, diz que ambos os problemas já foram resolvidos.

No estudo, financiado pelo Energy Biosciences Institute, a equipe do Feng testou com sucesso o uso de um surfactante não iónico, ou co-polímero, para criar pequenas estruturas que capturam e mantêm as moléculas de butanol. "Isso mantém a quantidade de butanol no caldo de fermentação baixa para que não mate o organismo e podemos continuar a produzir", disse ele. Este processo, denominado fermentação extrativista, aumenta a quantidade de butanol produzido durante a fermentação em 100% ou mais.

Mas isso é apenas o começo. O grupo de Feng faz uso de uma das propriedades do polímero - sua sensibilidade à temperatura. Quando o processo de fermentação é finalizado, os cientistas aquecem a solução até que uma nuvem apareça e formem duas camadas. "Nós usamos um processo chamado de separação de ponto de nuvem", disse ele. "Forma duas fases, com o segundo voltado para a fase rica em polímero. Quando removemos a segunda fase, podemos recuperar o butanol, conseguindo uma redução de três a quatro vezes no uso de energia, porque não precisamos remover tanta água como na fermentação tradicional. "Um bônus é que os co-polímeros podem ser reciclado e pode ser reutilizado pelo menos três vezes depois que o butanol é extraído com pouco efeito sobre o comportamento de separação de fases e a capacidade de enriquecimento de butanol. Após a primeira recuperação, o volume de butanol recuperado é ligeiramente inferior, mas ainda está em alta concentração, disse ele.

Traduzido, com acréscimos, de:

Scientist Makes Use of Butanol as Biofuel more Appealing - microsteamturbine


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Saccharomyces cerevisiae e Synechococcus

Em um artigo publicado em janeiro de 2017, Liu et al. descreve os avanços que foram feitos no processo de produção do butanol. De acordo com seu relatório, existem muitos tipos diferentes de microorganismos que podem ser utilizados para fermentar o açúcar em butanol. Uma levedura chamada Saccharomyces cerevisiae, que também é usada para preparar cerveja e fazer pão, é uma excelente opção porque os cientistas estudaram seus genes há mais de 40 anos. Agora temos um mapa completo do DNA do fermento, tornando bastante fácil mudar seus genes para melhorar seu desempenho. Por exemplo, podemos projetar cepas de fermento que produzem substancialmente mais butanol do que naturalmente. Em 2016, os cientistas conseguiram construir uma cepa de levedura que produz cerca de 130 miligramas / litro (mg/L) de butanol (2) - referimo-nos a essa quantidade como título. Infelizmente, o fermento ainda não é capaz de tolerar níveis elevados de butanol para produzir eficientemente biocombustíveis. Usando Synechococcus alongados, um tipo de cianobactéria (também conhecida como algas verdes-azuladas), um título de 400 mg/L foi alcançado, mas, como o fermento, as cianobactérias simplesmente não podem manipular a toxicidade do butanol (2).


Saccharomyces cerevisiae

Traduzido de: Bio-butanol: Fuel of the Future - medium.com


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Engenharia Metabólica de E. Coli para a produção de n-butanol

METABOLIC ENGINEERING OF E. COLI FOR N-BUTANOL PRODUCTION - www.isaaa.org

O glicerol bruto, um subproduto do processo de produção de biodiesel, pode ser um recurso abundante e renovável (Tanto que criou-se todo um mercado de “glicerolquímica”). No entanto, a indústria à base de glicerol é geralmente afetada pelo custo do refinamento do glicerol bruto. Mukesh Saini, da Universidade Feng Chia em Taiwan, teve como objetivo abordar esta questão desenvolvendo um processo microbiano que converte glicerol bruto em produtos químicos de valor agregado. A equipe se concentrou em engenharia de Escherichia coli para produzir n-butanol.

O metabolismo central de E. coli foi traçado para melhorar a eficiência do metabolismo do glicerol. A equipe primeiro estudou o fluxo glicolítico em E. coli através da via de oxidação do piruvato. Em seguida, a equipe dirigiu o fluxo para a via de fosfato de pentose oxidativa. A equipe melhorou o catabolismo anaeróbio para glicerol e suprimiu moderadamente o ciclo do ácido tricarboxílico. A tensão gerada resultante permitiu a produção de 6,9 ​​g / L de n-butanol a partir de 20 g / L de glicerol em bruto.

Este estudo mostra a viabilidade de manipular as principais vias metabólicas. A plataforma tecnológica desenvolvida pode ser útil para a viabilidade econômica da indústria relacionada com glicerol.


2

Uma abordagem mais biomassa e pela força-bruta da catálise

Resumo:

Neste artigo, são apresentados os resultados obtidos na produção de acroleína e ácido acrílico a partir de biomassa. As moléculas “plataforma” derivadas da biomassa que são utilizadas nestes processos catalíticos são glicerol, ácido láctico, ácido fumárico e ácido 1-3-hidroxipropiônico. As abordagens mais promissoras para a produção de ácido acrílico a partir de moléculas “plataforma” de biomassa são as do ácido 3-hidroxipropiónico, que requerem uma purificação mínima da alimentação e do glicerol, utilizando um processo catalítico de dois estágios com purificação entre intervalos. Nenhum dos processos baseados em biologia é comercialmente competitivo com os processos baseados em petróleo (propileno) devido aos altos custos de energia dos processos anteriores, portanto, a pesquisa para otimizar os processos é necessária.

Robert Karl Grassell iFerruccio Trifirò; Acrolein and acrylic acid from biomass; Rendiconti Lincei, July 2017, Volume 28, Supplement 1, pp 59–67 - https://link.springer.com/article/10.1007/s12210-017-0610-6

Nota:

“Moléculas plataforma” são moléculas derivadas de biomassa que podem ser usadas como blocos de construção para uma indústria química baseada em bio-refinaria e as tecnologias de processamento associadas empregadas em sua produção.
The biorefinery and platform molecules - learning.chem21.eu

Conceito associável ao pouco difundido em língua portuguesa de Quimurgia:

en.wikipedia.org - Chemurgy


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Nota gricerolquímica ou glicerinoquímica:

Atualmente, o glicerol é considerado um co-produto da indústria de biodiesel. À medida que a produção de biodiesel aumenta exponencialmente, o glicerol gerado a partir da transesterificação de óleos e gorduras vegetais também está sendo produzido em larga escala e se revelou essencial buscar novas alternativas ao consumo de volume extra, em bruto e/ou como derivados de alto valor agregado.

Traduzido de: Glycerol Chemistry - https://sintmol.ufms.br/?page_id=851

Destacadamente, o principal produto de uma rota iniciando em gklicerol é a acroleína, desta o ácido acrílico e deste os metacrliatos, levando aos polimetracrilatos, os populares acrílicos, e diversos outros produtos:

en.wikipedia.org - Acrolein / pt.wikipedia.org - Acroleína



Tradução:

A Dow Chemical Company e seu parceiro OPX Biotechnologies estão investigando o uso de açúcar fermentado para produzir ácido 3-hidroxipropiónico (3HP), um precursor de ácido acrílico. O objetivo é reduzir as emissões de gases de efeito estufa.

O ácido acrílico e os seus ésteres se combinam facilmente com eles mesmos (para formar ácido poliacrílico) ou outros monômeros (por exemplo, acrilamidas, acrilonitrilo, compostos de vinilo, estireno e butadieno) fazendo reagir na sua dupla ligação, formando homopolímeros ou copolímeros, que são utilizados na fabricação de vários plásticos, revestimentos, adesivos, elastômeros, bem como polimento e tintas para pavimentos.

Analogamente, uma etanolquímica com o exemplo trivial e nacional do poleitileno a partir do etanol:

www.braskem.com - PE-Verde-Produtos-e-Inovacao

Texto simples e explicativo, com a rota etanol ↠ eteno ↠ polietileno:

brasilescola.uol.com.br - Plástico verde

Uma revisão mais acadêmica:

J.Deleplanque, J.-L. Dubois, J.-F. Devaux, W.Ueda; Production of acrolein and acrylic acid through dehydration and oxydehydration of glycerol with mixed oxide catalysts; Catalysis Today, Volume 157, Issues 1–4, 17 November 2010, Pages 351-358 - www.sciencedirect.com

Josef Tichý; Oxidation of acrolein to acrylic acid over vanadium-molybdenum oxide catalysts; Applied Catalysis A: General; Volume 157, Issues 1–2, 11 September 1997, Pages 363-385 - www.sciencedirect.com

Malshe, V. C. and Chandalia, S. B. (1977), Vapour phase oxidation of acrolein to acrylic acid on mixed oxides as catalyst. J. Appl. Chem., 27: 575–584. doi:10.1002/jctb.5020270502

Sarawalee Thanasilp, Johannes W. Schwank, Vissanu Meeyoo, Sitthiphong Pengpanich, Mali Hunsom, Preparation of supported POM catalysts for liquid phase oxydehydration of glycerol to acrylic acid, Journal of Molecular Catalysis A: Chemical, 2013, 380, 49 - linkinghub.elsevier.com

Gerhard Mestl, MoVW mixed metal oxides catalysts for acrylic acid production: from industrial catalysts to model studies, Topics in Catalysis, 2006, 38, 1-3, 69

R. Tokarz-Sobieraj, K. Hermann, M. Witko, A. Blume, G. Mestl, R. Schlögl, Properties of oxygen sites at the MoO3(010) surface: density functional theory cluster studies and photoemission experiments, Surface Science, 2001, 489, 1-3, 107 - www.sciencedirect.com

G. Mestl, Ch. Linsmeier, R. Gottschall, M. Dieterle, J. Find, D. Herein, J. Jäger, Y. Uchida, R. Schlögl, Molybdenum oxide based partial oxidation catalyst: 1. Thermally induced oxygen deficiency, elemental and structural heterogeneity and the relation to catalytic performance, Journal of Molecular Catalysis A: Chemical, 2000, 162, 1-2, 463. - www.sciencedirect.com

Separation of acrylic acid and acrolein - patents.google.com - US3513632

T. V. Andrushkevich; Heterogeneous Catalytic Oxidation of Acrolein to Acrylic Acid: Mechanism and Catalysts; Catalysis Reviews - Science and Engineering; Volume 35, 1993 - Issue 2 - www.tandfonline.com

terça-feira, 27 de fevereiro de 2018

Micróbios produtores de butanol - 1


Armadilha cinética para produzir micróbio produtor de butanol

Luke Geiver; Using kinetic trapping to make superior butanol-producing microbe; March 10, 2011 - www.ethanolproducer.com


Michelle Chang, professora assistente de química da Universidade da Califórnia-Berkeley e sua equipe estão trabalhando para encontrar um caminho melhor para a produção de n-butanol. Agora, depois de três anos, Chang acredita ter encontrado. Usando uma abordagem chamada armadilha cinética, a equipe foi capaz de alterar uma via enzimática em E. coli que produz 10 vezes mais n-butanol do que outros micróbios. Com base nas enzimas encontradas no Clostridium (Clostridium acetobutylicum)  uma bactéria produtora de butanol que vários pesquisadores usaram como ponto de partida para processos com base em enzimas promissoras para n-butanol, a equipe criou uma via sintética na E. coli.
"Outras pessoas estão interessadas em fazer isso", disse Chang, e alguns até realizaram um trabalho similar, mas, observou, a maioria dos pesquisadores está "presa a meio grama por litro". A equipe de Chang, em vez disso, olhou os estrangulamentos que mantêm o  Clostridium capaz de produzir uma grande quantidade de produto. "Clostridium faz o n-butanol", disse ela, "mas seu objetivo não é fazer o máximo possível". Um dos problemas com a via enzimática responsável pela produção de n-butanol na bactéria é a capacidade da via para obter reações reversas . "As enzimas vão para a frente e para trás e algumas realmente favorecem a reação reversa", disse Chang. "Se você olhar para qualquer coisa em que você possa acumular níveis realmente elevados (como o etanol), você realmente tem o que chamamos de reação irreversível".
Na produção de etanol, uma molécula de gás é separada, e uma vez que a divisão ocorre, a molécula não pode voltar. Chang disse que devido a sua equipe reconhecer a diferença na via do n-butanol em comparação com a do etanol, ela e sua equipe decidiram se afastar de introduzir um bloco naquela via e, em vez disso, olhou para como alterar ou atrapalhar a possibilidade da reação reversa. "O que fizemos é abrandar a reação de global, dado que é lenta em comparação com o progresso ‘para a frente’ ", disse ela. "Era basicamente uma questão de velocidade". Esse processo, abrandando a reação das costas em relação à velocidade da reação direta que efetivamente faz a reação parecer irreversível, é o que Chang chama de armadilha cinética e foi o principal motivo pelo qual sua equipe foi capaz para criar um micróbio de E. coli capaz de produzir mais n-butanol. "Em um sistema sintético, você pode perguntar o que está fora das funções naturais", disse ela. "Por isso, mudamos a enzima nativa por uma outra que mostra esse diferente comportamento".

O trabalho foi financiado pela UC Berkeley, bem como por várias outras fundações, incluindo o Dow Sustainable Products and Solutions Program. Chang disse que ela e sua equipe passaram quase 60 horas por semana trabalhando na pesquisa e esperam continuar seu trabalho para criar uma via de n-butanol adequada para leveduras. Ela espera ter uma descoberta semelhante nos próximos três anos e já foi contatada por algumas empresas sobre seu trabalho. "Eu pessoalmente não sinto que é hora disso, a menos que seja alguém que procura ajudar a desenvolver a tensão para um ambiente industrial", disse ela. "Alguém me perguntou qual era o seu momento de "Ah-ha!"... (Eureka!) Eu disse-lhes que você tem um momento de "Ah-ha!", mas leva cerca de seis meses a um ano para ver isso se concretizar cientificamente".

Versão de texto para citação em artigo formal de produção de biocombustíveis:

Bactérias, como o E. coli, ou Lactobacillus brevis, com enzimas modificadas com base nas disponíveis nas bactérias do gênero Clostridium permitem a produção de n-butanol com alta eficiência. A técnica é adaptável a leveduras como n-butanol Saccharomyces cerevisiae.


Leitura recomendada
Apresentação: Biofuels in Bacteria and Complex Genetic Circuits - 2012.igem.org

Revisão bibliográfica

Amy M. Weeks and Michelle C. Y. Chang; Constructing de novo biosynthetic pathways for chemical synthesis inside living cells; Biochemistry. 2011 Jun 21; 50(24): 5404–5418. - www.ncbi.nlm.nih.gov

Becky J. Rutherford, Robert H. Dahl, Richard E. Price, Heather L. Szmidt, Peter I. Benke, Aindrila Mukhopadhyay and Jay D. Keasling; Functional Genomic Study of Exogenous n-Butanol Stress in Escherichia coli; Appl. Environ. Microbiol. March 2010 vol. 76 no. 6 1935-1945 - aem.asm.org

Dong H, Zhao C, Zhang T, Lin Z, Li Y, Zhang Y.; Engineering Escherichia coli Cell Factories for n-Butanol Production. Adv Biochem Eng Biotechnol. 2016;155:141-63. doi: 10.1007/10_2015_306. - www.ncbi.nlm.nih.gov

Oksana V. Berezina, Natalia V. Zakharova, Agnieszka Brandt, Sergey V. Yarotsky, Wolfgang H. Schwarz & Vladimir V. Zverlov; Reconstructing the clostridial n-butanol metabolic pathway in Lactobacillus brevis; Appl Microbiol Biotechnol (2010) 87:635–646. DOI 10.1007/s00253-010-2480-z - www.researchgate.net

Shuobo Shi, Tong Si, Zihe Liu, Hongfang Zhang, Ee Lui Ang & Huimin Zhao; Metabolic engineering of a synergistic pathway for n-butanol production in Saccharomyces cerevisiae; Scientific Reports volume 6, Article number: 25675 - www.nature.com

Qinglong Wang, Yi \Ding, Li Liu, Jiping Shi, Junsong Sun, Yongchang Xue; Engineering Escherichia coli for autoinducible production of n-butanol; Electronic Journal of Biotechnology, Volume 18, Issue 2, March 2015, Pages 138-142 - https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0717345815000202

Eric J Steen, Rossana Chan, Nilu Prasad, Samuel Myers, Christopher J Petzold, Alyssa Redding, Mario Ouellet and Jay D Keasling; Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for the production of n-butanol; Microbial Cell Factories 2008 7:36

Paola Branduardi, Valeria Longo, Nadia Maria Berterame, Giorgia Rossi and Danilo Porro; A novel pathway to produce butanol and isobutanol in Saccharomyces cerevisiae; Biotechnology for Biofuels 2013 6:68 - biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com

Nicolaas A Buijs, Verena Siewers, Jens Nielsen; Advanced biofuel production by the yeast Saccharomyces cerevisiae; Current Opinion in Chemical Biology, Volume 17, Issue 3, June 2013, Pages 480-488. www.sciencedirect.com

Virginia Schadeweg and Eckhard Boles; n-Butanol production in Saccharomyces cerevisiae is limited by the availability of coenzyme A and cytosolic acetyl-CoA; Biotechnol Biofuels. 2016; 9: 44. PMCID: PMC4765181 - doi:  10.1186/s13068-016-0456-7 - www.ncbi.nlm.nih.gov

Virginia Schadeweg and Eckhard Boles; Increasing n-butanol production with Saccharomyces cerevisiae by optimizing acetyl-CoA synthesis, NADH levels and trans-2-enoyl-CoA reductase expression; Biotechnol Biofuels. 2016; 9: 257. PMCID: PMC5123364 -  doi:  10.1186/s13068-016-0673-0 - www.ncbi.nlm.nih.gov

Strings web quest: [ n-buthanol e coli ] ; [ n-buthanol e coli Michele chang]; [ n-buthanol Saccharomyces cerevisiae ]

quinta-feira, 22 de fevereiro de 2018

Criptozoologia e certas confusões

Recomendo cuidado com a confusão do que seja criptozoologia dentro de determinada definição - pois em termo stricto sensu é uma pseudociência bem caracterizada - com animais (ou qualquer ser vivo) ficcional.

Explico.

Um exemplo de “criptido” da  Criptozoologia:

“Existe um tipo de preguiça gigante ainda vivo no cerrado brasileiro?”

Obs.: Associado com o mito e descrições do que seria o “mapinguari“.

Aqui num sentido lato sensu para criptozoologia, que inclua investigações sobre animais dos quais existem relatos minimamente sérios e possíveis, não interessando que o animal exista ou não, pois há uma coerência bem razoável, pois existiram preguiças (ditas) gigantes e outras menores, mas ainda grandes animais, na América do Sul.





O problema do que trata-se por aí de Criptozoologia são os métodos, típicos das pseudociências.

Outros exemplos: 

Existe alguma espécie de felino maior que a onça pintada na Amazônia?
Há relatos de indígenas que dizem que sim - seja no passado e atualmente já extintas.


Felinos do passado: www.pinterest.co.uk


Há alguma espécie de cobra maior que a sucuri na região amazônica? 

Aqui ninguém precisa de uma cobra de 30 metros, bastando uma de 15, por exemplo, maior que as maiores sucuris já registradas, e os dois animais aqui citados são também biologicamente aceitáveis. (Basta ver a Titanoboa cerrejonensis.)


Agora vamos para os seres ficcionais. “Dragões do universo das Crônicas (ou Uma Canção) de Gelo e Fogo (Game of Thrones) são aparentados com uma criatura subterrânea nesse universo descrita?” Seres vivos ficcionais, que possuem o objetivo de tornar tal universo coerente, até em termos evolutivos, ao gosto do autor e necessidades de atender seu público específico. Tenho, por exemplo, muita simpatia pela concepção dos Mûmakil ("olifantes", no tempo adotado em português) do universo de O Senhor dos Anéis.
Council of Elrond
O primeiro caso é claramente pseudociência quando o "purgante" em questão afirma que existe o ser, e não que ele possa ser conjecturado e buscadas suas evidências. Aqui, claro, provavelmente o exemplo mais marcante de criatura desta dita criptozoologia de tão insistentes - e até perdulários com suas “pesquisas” devotos - seja o “monstro do lago Ness”, concorrendo de perto com os “abomináveis homens das neves” e os ‘pés grandes”, ou, como prefiro, por influência de marcante personagem da Marvel, “sasquatch”. O segundo caso, repetimos, faz parte da construção de um universo ficcional coerente, sendo um meio muito útil de tornar um universo ficcional, especialmente em ficção científica, mais “sólido”, até (exo)biologicamente falando.

Leituras recomendadas

pt.wikipedia.org - Mapinguari pt.wikipedia.org - Lista de animais estudados na criptozoologia Uma leitura especialmente recomendada, de outro problema: Charles Morphy D. Santos; Taxonomia não é ufologia! - charlesmorphy.blogspot.com.br Nos nossos arquivos: docs.google.com

sábado, 2 de dezembro de 2017

De um início tão aromático...


Entenda-se que o termo  “aromático” acima significa “compostos aromáticos”, que apresentam a propriedade molecular da “aromaticidade”, termo usado para descrever uma molécula planar cíclica (em forma de anel) com um anel de ligações de ressonância que apresenta maior estabilidade do que outros arranjos geométricos ou conectivos com o mesmo conjunto de átomos. As moléculas aromáticas são muito estáveis e não se separam facilmente para reagir com outras substâncias, mas a “superfície” de seus anéis, seu entorno, apresenta a capacidade de produzir grande número de variações ao ligar-se até facilmente com outros grupos, e adiantemos, podem apresentar a capacidade de “evoluir quimicamente”.


Dada a importância, uma primeira tradução rápida aqui, antes de fazer-se a “wikificação” para a Wikipédia em português.




Hipótese do mundo PAH


A hipótese do mundo PAH é uma hipótese especulativa que propõe que os hidrocarbonetos aromáticos policíclicos (PAH), conhecidos como abundantes no universo, inclusive em cometas e, também, assumidos como sendo abundantes na sopa primordial da Terra primitiva, desempenharam um papel importante na origem da vida mediando a síntese de moléculas de RNA, levando ao mundo do RNA. No entanto, até agora, a hipótese não foi testada.


CAREX Canada


Fundamentos

O experimento Miller-Urey em 1952 e outros já demonstraram a síntese de compostos orgânicos, como aminoácidos, formaldeído e açúcares, dos precursores inorgânicos originais que os pesquisadores presumiram estar presentes na sopa primordial (mas já não é considerados apropriado). Este experimento inspirou muitos outros. Em 1961, Joan Oró descobriu que a adenina de base de nucleótido poderia ser feita a partir de cianeto de hidrogênio (HCN) e amônia em uma solução aquosa. As experiências realizadas mais tarde mostraram que as outras nucleobases de RNA e DNA poderiam ser obtidas através de química prebiótica simulada com uma atmosfera redutora.


Hidrocarbonetos aromáticos policíclicos


Os hidrocarbonetos aromáticos policíclicos são as moléculas poliatômicas mais conhecidas e abundantes no universo visível e são considerados um constituinte provável do mar primordial. PAHs, juntamente com fullerenes (ou "buckyballs"), foram recentemente detectados em nebulosas. (Fullerenes também estão implicados na origem da vida, de acordo com a astrónomo Letizia Stanghellini, "É possível que os buckyballs do espaço exterior forneçam sementes para a vida na Terra".) Em setembro de 2012, cientistas da NASA relataram que os PAHs, submetidos a condições interestelares médias (ISM), são transformadas, por hidrogenação, oxigenação e hidroxilação, em compostos orgânicos mais complexos  -  "um passo ao longo do caminho para os aminoácidos e nucleotídeos, as matérias-primas das proteínas e do DNA, respectivamente". Além disso, como resultado dessas transformações, os PAH perdem sua assinatura espectroscópica, o que pode ser uma das razões "pela falta de detecção de PAH em grãos de gelo interestelar, particularmente as regiões externas de nuvens frias e densas ou as camadas moleculares superiores dos discos protoplanetários".
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Em 6 de junho de 2013, cientistas do IAA-CSIC relataram a detecção de hidrocarbonetos aromáticos policíclicos na atmosfera superior de Titã, a maior lua do planeta Saturno.


Os PAHs não são normalmente muito solúveis na água do mar, mas, quando sujeitos a radiações ionizantes como a luz UV solar, os átomos de hidrogênio externos podem ser removidos e substituídos por um grupo hidroxilo, tornando PAHs muito mais solúveis em água.

Estes PAHs modificados são anfifílicos, o que significa que eles têm partes hidrófilas e hidrofóbicas. Quando em solução, eles se reúnem em pilhas mesogênicas discíticas (cristal líquido) que, como os lipídios, tendem a se organizar com suas partes hidrofóbicas protegidas.


Em 21 de fevereiro de 2014, a NASA anunciou um banco de dados altamente atualizado para o rastreamento de hidrocarbonetos aromáticos policíclicos no universo. Mais de 20% do carbono no universo pode estar associado a PAHs, possíveis materiais iniciais para a formação da vida. Os PAHs parecem ter sido formados já em alguns bilhões de anos após o Big Bang, sendo abundantes no universo, e estão associados a novas estrelas e exoplanetas.


Chia-Nan Yeh & Jeng-Da Chai; Role of Kekulé and Non-Kekulé Structures in the Radical Character of Alternant Polycyclic Aromatic Hydrocarbons: A TAO-DFT Study; Scientific Reports 6, Article number: 30562 (2016) doi:10.1038/srep30562 - www.nature.com




Anexação de nucleobases para o “andaime” PAH

Obs.: “Andaime”, em química, é uma estrutura que é usada para sustentar ou suportar outro material, como uma droga, cristal ou proteína


Na pilha de PAH auto-ordenada, a separação entre anéis adjacentes é de 0,34 nm. Esta é a mesma separação encontrada entre nucleotídeos adjacentes de RNA e DNA. Moléculas menores, naturalmente, se prendem aos anéis de PAH. No entanto, os anéis de PAH, enquanto se formam, tendem a girar um ao outro, o que tenderá a desalojar os compostos anexados que colidirem com aqueles anexados aos acima e abaixo. Portanto, incentiva a ligação preferencial de moléculas planas, como nucleobases de pirimidina e purina, os constituintes-chave (e os portadores de informação) de RNA e DNA. Essas bases são igualmente anfifílicas e, portanto, também tendem a se alinhar em pilhas semelhantes.


Anexo do “espinha dorsal” oligomérica

De acordo com a hipótese, uma vez que as nucleobases estão ligadas (através de ligações de hidrogênio) ao “andaime” PAH, a distância inter-base selecionaria moléculas "ligantes" de um tamanho específico, como pequenos oligômeros de formaldeído (metanal), também retirados da "sopa" prebiótica, que se uniria (por meio de ligações covalentes) às nucleobases, bem como a outras para adicionar uma “espinha dorsal” estrutural flexível.


Destacamento dos fios do tipo RNA

Uma queda transitória subsequente no pH ambiente (aumento da acidez), por exemplo, como resultado de uma descarga vulcânica de gases ácidos, como o dióxido de enxofre ou o dióxido de carbono, permitiria que as bases se separassem de seus “andaimes” PAH, formando um tipo de moléculas RNA (com o esqueleto de formaldeído em vez do esqueleto de ribose-fosfato usado pelo RNA "moderno", mas o mesmo passo de 0,34 nm).

Formação de estruturas tipo ribozima


A hipótese ainda especula que, uma vez que longos fios simples de RNA são destacados das pilhas de PAH e, após os níveis de pH ambiente se tornarem menos ácidas, eles tendem a dobrar-se sobre si mesmos, com seqüências complementares de nucleobases buscando preferencialmente uns aos outros e formando ligações de hidrogênio, criando estruturas estáveis, pelo menos parcialmente, de cadeia dupla, semelhantes às ribozimas. Os oligômeros de formaldeído eventualmente seriam substituídos por moléculas de fosfato de ribose mais estáveis para o material da espinha dorsal, resultando em um marco inicial para a hipótese do mundo de RNA, que especula sobre desenvolvimentos evolutivos adicionais desse ponto.




Leitura recomendada

A Simple Kind of Life - December 24, 2008 - supernovacondensate.net

Pascale Ehrenfreund, Steen Rasmussen, James Cleaves, Liaohai Chen (2006). Experimentally Tracing the Key Steps in the Origin of Life: The Aromatic World Astrobiology, 6 (3), 490-520 DOI: 10.1089/ast.2006.6.490 - www.ncbi.nlm.nih.gov

THE AROMATIC WORLD, Astrobio - Jun 15, 2006 - An Interview with Pascale Ehrenfreund - www.astrobio.net